O acervo à guarda do Arquivo Histórico-Diplomático compreende cerca de 6.000 metros lineares. Os seus principais fundos e subfundos são os seguintes:

- Fundo Ministério dos Negócios Estrangeiros;

- Subfundo Secretaria de Estado (ca 1801 a 1985), com series completas desde 1850, contendo documentação produzida pelos diversos serviços do MNE;

- Subfundo serviços externos (ca. 1812-1987) documentação produzida pelas Legações/embaixadas, pelas representações/Missões junto de organismos internacionais

- Coleção Tratados e outros actos internacionais subscritos por Portugal, incluindo ratificações e adesões, de 1839 até à atualidade.

- Coleção Monografias elaboradas por diplomatas e outros funcionários do MNE, em exercício das suas funções, de 1922 a 1966.

- Para além do fundo MNE existem também outros fundos constituídos pelos Espólios, adquiridos por compra ou doação, de antigos ou actuais funcionários do Ministério dos Negócios Estrangeiros, nomeadamente: José d’Almada, Eduardo Brazão, Andrade Corvo, Joaquim José Machado, Batalha Reis e Teixeira de Sampaio.

- O MNE incorpora também parte do fundo do Ministério do Ultramar, nomeadamente o Gabinete dos Negócios Políticos, com documentação herdada pelo MNE na sequência da extinção de órgãos e departamentos da administração central do Estado.